Desa Pekalongan memiliki beberapa unggulan, diantaranya:
MEBEL
Desa Pekalongan merupakan sentra home industri mebel. Sebagian besar penduduk di desa ini bekerja sebagai pengrajin kayu. Hasil produknya sudah diekspor ke Asia bahkan Eropa.PERIKANAN
PERKEBUNAN DAN PERTANIAN
Iklim dan cuaca di Desa Pekalongan sangat cocok untuk pertanian dan perkebunan. Produk pertanian yang menjadi andalan adalah padi. Sedangkan perkebunan adalah durian, jengkol, kelapa, dan singkong.